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Géraud GOURJON & Anna DEGIOANNI  Contact:   |
NEW: CALCULATE ADMIXTURE INDICATIVE INTERVAL Click here
Reference to quote: GOURJON G, SALIBA-SERRE B, DEGIOANNI A. 2014. Admixture Indicative Interval (AII): a new approach to assess trends in genetic admixture. Genetica. DOI: 10.1007/s10709-014-9792-3.
Reference to quote: GOURJON G, DEGIOANNI A. 2009. AdFiT v1.7 (Admixture File Tool): input files creating tool for genetic admixture estimation software. Bulletins et Mémoires de la Société d’Anthropologie de Paris, t. 21, vol.3-4.
Téléchargement de la version 1.7 de AdFiT (Download AdFit v1.7): Cliquez ici / Click here
(fonctionne sous Windows XP-Vista-Seven, avec Open Office ou Windows Office) Le fichier zip contient un fichier exemple d'entrée pour AdFiT (an example input file for AdFiT is given in the zip file)
Download AdFiT v1.5 documentation: ENGLISH Click here
The v1.7 documentation will be available soon. Some modifications have been done and Mixtur software is taken into account for the input file creation. There is now no limitation in the number of Loci in the created input file (Alleles are limited to 350 per locus though).
Télécharger la documentation pour AdFiT v1.5 : FRANCAIS Click here
La documentation pour la version 1.7 en français sera disponible sous peu. Certaines modifications ont été faites et certains "bugs" supprimés. Il est possible avec la version 1.7 de créer des fichiers d'entrée pour le logiciel Mixtur (Wijsman, 1984). Il n'y a plus de limite au nombre de loci utilisés mais le nombre d'allèles par locus est toujours limité à 350.
Descargado AdFiT v1.0 documentación: ESPAÑOL Click here
Several estimators have been developped to estimate parental population contributions to the genetic pool of an admixed population (see Degioanni et Gourjon 2010 for a review of around 40 methods). Some of them have been implemented in software programs, allowing a more or less easy estimation. A complete study of these methods and associated software (Gourjon 2010; Gourjon et al. 2010) highlight some limits in their reliability and their applicability.
It seems to be primary to estimate admixture rates using several admixture estimation software, and to use several parental population combinations to highlight regional variation in admixture dynamics (see Gourjon et al. 2010). Additionnally, to estimate efficiently the admixture rates, to use all the available genetic markers appears to be mandatory as well. However, each software program has its own input file format and it is a tedious work to complete dozens of input files for each one.
The six most commonly used software programs in the literature for population genetic admixture estimation since
20 years, are ADMIX, ADMIX95, Mistura, Admix 2.0, LEA, and LEADMIX. We present a specific tool that can help in the file creation process: AdFiT (Admixture Files Tool) version 1.7, a multi-language software (English, French and Spanish). Starting from a common file containing data, it allows to instantaneously create input files for these software programs and two others, Parallel LEA (ParLEA) and Mixtur.
AdFiT is freely available online for academic users. The v2.0 will be available soon and will include some new estimators of admixture.
Keywords: genetic admixture, human population, admixture rates, software tool.
Plusieurs estimateurs des contributions relatives des populations parentales à la population mélangée ont été proposés
par différentes méthodes (Voir Degioanni et Gourjon, 2010 pour une revue d'une quarantaine de méthodes). Ces dernières ont pour la plupart été implantées dans des logiciels permettant d’estimer de manière (parfois)
rapide et plus ou moins précise les contributions de chacune des ces populations. Cependant après une approche approfondie de plusieurs de ces logiciels (Gourjon 2010; Gourjon et al. 2010), il ressort que leur fiabilité
et leur applicabilité sont souvent faibles. De plus, leur utilisation est pour certains peu aisée et les résultats obtenus pas toujours exploitables. Il nous semblait primordial afin d’estimer
de manière plus pertinente les taux de mélange, d’avoir recours simultanément à plusieurs logiciels et plusieurs types de marqueurs. Cependant la création des fichiers d’entrée pour
ces logiciels peut se montrer fastidieuse lorsque beaucoup de fichiers d’entrée doivent être réalisés (combinaison entre populations parentales, entre loci, pour différents marqueurs,
pour les divers paramètres intrinsèques au logiciel, etc.). Il était donc nécessaire d’avoir un outil d’aide à la création de ces fichiers pour l’ensemble des logiciels les plus utilisés dans les
publications. Nous avons donc développé un logiciel permettant à partir d’un fichier général d’obtenir directement les fichiers dans les formats ADMIX (Long 1991), ADMIX95
(Chakraborty 1985, Bertoni 1995), Mistura (Krieger et al. 1965, Krieger et Cabello 1997), Admix2.0 (Bertorelle et Excoffier 1998, Dupanloup et Bertorelle 2001), LEA
(Chikhi et al. 2001, Langella et al. 2001), Parallel LEA (Giovannini et al. 2009), Mixtur (Wijsman 1984) et LEADMIX (Wang 2003). Ceci permettra à terme d’utiliser rapidement l’intégralité des logiciels et d’avoir une vue holistique du mélange génétique.
La version 2.0 sera bientôt disponible est permettra d'avoir une estimation rapide des taux de mélange basés sur les distances génétiques, selon la méthode de Cavalli-Sforza (1994).
BIBLIOGRAPHIE/REFERENCE
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